Báo cáo của Thanh tra Chính phủ nêu rõ việc tổ chức thi hành Luật Thanh tra trong thời gian qua đã đạt được nhiều kết quả khá toàn diện trên các lĩnh vực như: Công tác lãnh đạo, chỉ đạo; công tác tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về thanh tra; công tác xây dựng, hoàn thiện pháp luật về thanh tra; công tác xây dựng tổ chức bộ máy và đội ngũ cán bộ thanh tra, điều kiện đảm bảo hoạt động thanh tra; xây dựng chương trình, kế hoạch thanh tra, xử lý chồng chéo, trùng lắp trong hoạt động thanh tra; kết quả hoạt động thanh tra hành chính, thanh tra chuyên ngành; việc kiểm tra, giám sát hoạt động đoàn thanh tra; theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện kết luận thanh tra; khiếu nại, tố cáo về thanh tra; hoạt động kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của kết luận thanh tra, thanh tra lại; quản lý nhà nước về thanh tra.
Tuy nhiên, báo cáo cũng đã chỉ rõ những tồn tại, hạn chế qua 9 năm thi hành Luật Thanh tra, đó là: Việc triển khai hoạt động thanh tra còn thiếu kịp thời, một số cuộc thanh tra chưa tập trung vào những vấn đề nổi cộm, bức xúc trong công tác quản lý, thời gian thanh tra còn kéo dài, chậm ban hành kết luận thanh tra; trong kết luận thanh tra, thường ít chú trọng vào việc phát hiện, đề xuất sửa đổi những hạn chế, bất cập về cơ chế, chính sách, pháp luật; cá biệt trong kết luận thanh tra còn thiếu căn cứ pháp lý, thiếu tính khả thi nên việc thực hiện gặp nhiều khó khăn, vướng mắc.Trong quá trình tiến hành thanh tra, việc thực hiện quyền hạn của cơ quan thanh tra, người tiến hành thanh tra gặp không ít khó khăn, nhất là gặp hành vi cản trở, chống đối của đối tượng thanh tra, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan; bên cạnh đó chế tài rất ít hoặc không có nên việc xử lý đối tượng gặp nhiều khó khăn.
Còn có sự chồng chéo trong hoạt động giữa các cơ quan thanh tra, giữa cơ quan thanh tra với cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; đặc biệt có sự chồng chéo giữa các cơ quan thanh tra với Kiểm toán nhà nước, nhất là ở địa phương. Công tác quản lý nhà nước về công tác thanh tra cũng chưa được tổ chức thực hiện đầy đủ, toàn diện và hiệu quả. Sự phối hợp giữa cơ quan thanh tra nhà nước với cơ quan điều tra còn hạn chế, tỷ lệ khởi tố các vụ việc có dấu hiệu tội phạm không cao nên chưa phát huy tính tích cực của thanh tra trong đấu tranh phòng chống tội phạm.
Hiệu quả hoạt động của cơ quan thanh tra cấp huyện còn hạn chế, chủ yếu thực hiện chức năng tham mưu giải quyết khiếu nại, tố cáo cho Chủ tịch UBND cấp huyện, không phát huy được vai trò trong phát hiện, kiến nghị khắc phục sơ hở trong cơ chế quản lý, chính sách,pháp luật, phòng ngừa và phát hiện, xử lý các hành vi vi phạm pháp luật, nâng cao hiệu quả, hiệu lực quản lý nhà nước của Chủ tịch UBND cấp huyện…
Theo Thanh tra Chính phủ, những tồn tại, hạn chế trên có nhiều nguyên nhân, trong đó có nguyên nhân do những hạn chế, bất cập trong quy định của Luật Thanh tra, cụ thể như sau:
- Trong các quy định về tổ chức bộ máy, địa vị pháp lý, tính độc lập của cơ quan thanh tra và người đứng đầu cơ quan thanh tra nhà nước trong hệ thống cơ quan hành chính nhà nước còn hạn chế, chưa tương xứng với chức năng, nhiệm vụ được giao, còn phụ thuộc quá nhiều vào cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp về tổ chức, nhân sự, kinh phí, chương trình, kế hoạch thanh tra, tiến hành thanh tra, kết luận, kiến nghị xử lý; sự chỉ đạo của cơ quan thanh tra nhà nước cấp trên với cấp dưới còn hình thức và kém hiệu quả; sự phân biệt giưa thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành, giữa thanh tra chuyên ngành và kiểm tra thường xuyên theo chức năng quản lý nhà nước không rõ ràng…
- Trong quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan thanh tra nhà nước, cơ quan được gia thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, sự phân định về phạm vi thanh tra giữa các cơ quan thanh tra chưa rõ ràng, còn có sự chồng chéo, trùng lắp giữa thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành; thẩm quyền thanh tra đối với doanh nghiệp nhà nước chưa được phân định rõ giữa các cơ quan thanh tra; sự chồng chéo, trùng lắp giữa hoạt động thanh tra và hoạt động kiểm toán còn xảy ra…
- Trong quy định về thanh tra viên, người được giao thực hiện thanh tra chuyên ngành, cộng tác viên thanh tra, theo quy định công chức được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành không được xếp ngạch thanh tra và không được hưởng phụ cấp trách nhiệm thanh tra viên mà chỉ được hưởng chế độ bồi dưỡng trong thời gian thực hiện nhiệm vụ nên chưa động viên được đội ngũ công chức này; quy định về tiêu chuẩn, điều kiện của ngạch thanh tra, bổ nhiệm vào ngạch thanh tra còn bất cập; pháp luật về thanh tra chưa quy định tiêu chuẩn đối với thành viên đoàn thanh tra, công chức thanh tra chuyên ngành…
- Trong quy định về hoạt động thanh tra, giám sát hoạt động đoàn thanh tra cũng còn nhiều hạn chế, bất cấp, nhất là phần lớn các hoạt động thanh tra chuyên ngành về bản chất là hoạt động kiểm tra thường xuyên đã bị “thanh tra hóa”; các quyền của người tiến hành thanh tra chưa được hướng dẫn cụ thể nên việc thực hiện gặp nhiều khó khăn; quy định về giám sát hoạt động đoàn thanh tra chỉ phù hợp với Thanh tra Chính phủ, Thanh tra bộ, ít phù hợp với Thanh tra tỉnh, không phù hợp với Thanh tra sở, Thanh tra huyện, cơ quan được giao thực hiện thanh tra chuyên ngành, đoàn thanh tra chuyên ngành…
- Những hạn chế, bất cập trong quy định về theo dõi việc thực hiện kết luận thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo; xử lý vi phạm trong hoạt động thanh tra; thanh tra lại…
Nhằm khắc phục những hạn chế, bất cập nêu trên, Thanh tra Chính phủ đã đưa ra một số kiến nghị, đề xuất, nhất là các giải pháp cụ thể nhằm nâng cao hiệu quả thi hành pháp luật thanh tra; hoàn thiện pháp luật thanh tra đối với các vấn đề như địa vị pháp lý và tổ chức của các cơ quan thanh tra; nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan thanh tra nhà nước; hoạt động thanh tra và giám sát hoạt động thanh tra; việc thực hiện kết luận thanh tra, giải quyết khiếu nại, xử lý vi phạm trong hoạt động thanh tra; thanh tra lại và một số nội dung khác./.